首先以溃疡愈合时间来区分，良性口腔溃疡一般数天至数周可以愈合，而恶性口腔溃疡则呈进行性发展，数月甚至年余不愈合。
其次可以形态区分，良性口腔溃疡一般形态比较规则，圆，椭圆或呈线条形，边缘整齐，清楚，与周围组织分界清，凹陷的基底部较平滑，摸上去柔软，疼痛明显，而恶性口腔溃疡形态多不规则，边界不清，边缘隆起呈凹凸不平状，溃疡底部不平，呈颗粒状，触之质硬韧，明显区别于正常粘膜，溃疡疼痛反而不甚明显。
第三可以病程规律区分，良性口腔溃疡常常反复发生，有自限性，恶性口腔溃疡却无复发史，一旦发病，就迟迟不愈合。
第四可以全身情况区别，良性口腔溃疡全身症状少见，颈部淋巴结不肿大或虽肿大但不硬不粘连，恶性口腔溃疡则相反，有的甚至有恶病质，最后可根据对药物的敏感程度作出判断，良性口腔溃疡一般用消炎防腐类药物后效果明显，愈合加快，而恶性口腔溃疡则常常对药物“不理不睬”，疗效不明显。
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